czwartek, 30 września 2010

Ocena parametryczna jednostek

Ministerstwo Nauki ogłosiło nową listę jednostek naukowych wraz z ich kategoryzacją. Na stronie 39 pdf-a tabela dot. nauk biologicznych:
komunikat

michał żmihorski

Granty złożone w lipcu dostępne na stronach OPI

Na stronie OPI dostępne są projekty złożone w ostatnim, 40-tym konkursie MNiSW. Liczby grantów w poszczególnych kategoriach znowu biją rekordy: 251 projektów w "ekologii" i 269 w "biologii organizmów"! Jest kilka ciekawych, warto poczytać...

michał żmihorski

wtorek, 28 września 2010

Informacje o grantach - dane "archiwalne" dostępne

Na stronie OPI udostępniono dane o projektach finansowanych przez MNiSW (wcześniej KBN) do konkursu nr 6 włącznie, czyli ponad 15 lat temu. Można na przykład znaleźć tam taki grant:

Tytuł: Zmiany awifauny lęgowej w agrocenozach zachodniej Wielkopolski
Kierownik: mgr Piotr Tryjanowski
Instytucja realizująca: UNIWERSYTET IM. ADAMA MICKIEWICZA W POZNANIU WYDZIAŁ BIOLOGII
Typ projektu: własny
Dyscyplina naukowa: Ochrony Środowiska Przyrodniczego
  decyzja - zakwalifikowany

Dotacja przyznana przez Ministra 10 000




i rozliczyć autora: co zrobił za taką sumę z pieniędzy podatnika :o))
pozdr
michał żmihorski

poniedziałek, 27 września 2010

Przemyslenia po północy... czyli dlaczego czasami "open source software" jest lepsze niż komercyjne

Wlasnie spedzilem prawie pol godziny, zanim znalazlem w szacownym nowo-zainstalowanym Wordzie 2007 funkcje numerowania wierszy. Nie wiem, czy jest na swiecie bardziej, mówiąc wprost - spieprzone uaktualnienie w miare dobrze dzialajacego softwaru jak nowy Word i Excel 2007.
Pozdrawiam wszystkich skrobiących maszynopisy i nie tylko,
pskorka

sobota, 25 września 2010

Inflacja Impact Factora czyni nas lepszymi

Impact Factor dobrego czasopisma ekologicznego (n=70 z IF>1 w ciągu „ostatnich” 5 lat) rośnie w tempie 0.23 na rok z samego tylko tytułu, że przeciętny papier cytuje coraz więcej pozycji literatury (wzrost w tempie 0.67 cytowanego papieru/rok). Ergo: tylko jeśli IF czasopisma ekologicznego wzrasta ponad 0.23 rocznie, to jest się z czego cieszyć. Reszta (do 0.23 na rok) jest iluzją, random driftem itd. Innymi słowy: Red Queen w wydaniu dla redaktorów. Prawdziwe lub nie – przeczytać warto: Neff & Olden 2010. Not so fast: Inflation in impact factors contributes to apparent improvements in journal quality. BioScience 60: 455-459. Do znalezienia na stronie Juliana Oldena:

http://www.fish.washington.edu/research/oldenlab/publications.html

 

Przemek Ch.

czwartek, 23 września 2010

Ptaki, budki i... szerszenie

Koledzy,

ostatnio dyskusja o wykorzystaniu budek przybiera na sile - vide nasza praca w Acta:

Lambrechts M. M., Adriaensen F., Ardia D. R., Artemyev A. V., Atiénzar F., Bańbura J., Barba E., Bouvier J.-C., Camprodon J., Cooper C. B., Dawson R. D., Eens M., Eeva T., Faivre B., Garamszegi L. Z., Goodenough A. E., Gosler, A. G., Grégoire A., Griffith S. C., Gustafsson L., Johnson L. S., Kania W., Keišs O., Llambias P. E., Mainwaring M. C., Mänd R., Massa B., Mazgajski T. D., Mrller A. P., Moreno J., Naef-Daenzer B., Nilsson J.- Ĺ., Norte A. C., Orell M., Otter K. A., Park Ch. R., Perrins Ch. M., Pinowski J., Porkert J., Potti J., Remes V., Richner H., Rytkönen S., Shiao M.-T., Silverin B., Slagsvold T., Smith H. G., Sorace A., Stenning M. J., Stewart I., Thompson Ch. F., Török J., Tryjanowski P., van Noordwijk A. J., Winkler D. W., Ziane N. 2010. The design of artificial nestboxes for the study of secondary hole-nesting birds: a review of methodological inconsistencies and potential biases. Acta Ornithol. 45: 1–26.

(blisko literackiego Nobla za liczbę Autorów;-))

chce jednak zwrócić uwagę na inną rzecz jaką powodują budki - mogą ściągać do miast ... szerszenie. Wyniki naszej pracy tutaj:


Langowska A., Ekner A., Skórka P., Tobolka M., Tryjanowski P. (2010) Nest-Site Tenacity And Dispersal Patterns Of Vespa crabro Colonies Located In Bird Nest-Boxes. Sociobiology 56: 375-382
* zawsze chcialem miec pracke w tym czasopismie... tylko ze wzgledu na nazwe;-))
Pozdrawiam
Piotr Tryjanowski

Fajny "add-in" do Excela

Ahoj,
Znalazlem dzisiaj w sieci bardzo fajny dodatek do Excela z kilkoma fajnymi funkcjami :)
Do zassania z
http://www.heckgrammar.kirklees.sch.uk/index.php?p=10310

Pozdrawiam
pskorka

wtorek, 21 września 2010

Podobno pod latarnią najciemniej, ale... wiemy z czym to się skojarzyć może ;)

Trochę z mojej działki - czyli o ptasim śpiewaniu, ale pod latarnią.

Wpatrując się w światło np. z lampki lub w komputer przez cały dzień oraz w nocy możemy nabawić się dziwnych stanów, łącznie z przesterowaniem naszego zegara biologicznego w tym seksualnego ;) Cóż u ptaków jest równie ciekawie.

W najnowszym (still in press) Current Biology Bart Kempenaers i inni odkryli, że sikory modre żyjące na skraju lasu w pobliżu oświetlonych ulic rozpoczynają śpiewać od 3 do 10 minut wcześniej niż te, które żyją w głębi lasu. Natomiast samice nieco bardziej receptywne i lubiące przygody szukają tych porannych macho sądząc, że są oni bardziej silni i dorośli niż są faktycznie. Wniosek jest taki, że "szczeniaki z miasta" mają dwa razy więcej pozamałżeńskich sukces w rwaniu samic niż ich odpowiedniki w głębi lasu.

Ot taki efekt "jazdy na miastowego" w wiejskiej dyskotece.




 Poniżej link do papieru:

http://www.cell.com/current-biology/abstract/S0960-9822%2810%2901018-3

Pozdr,


Michał Skierczyński

sobota, 18 września 2010

czwartek, 16 września 2010

Nie taki Akaike prosty, jak go malują

Kryterium informacyjne Akaike’go (AIC) jest obecnie uniwersalnym kryterium wyboru optymalnego modelu spośród wielu konkurujących ze sobą modeli objaśniających interesującą nas zmienną zależną. AIC pozwala porównywać – dla tych samych danych – zarówno modele zagnieżdżone (co umożliwia również LRT), jak i nie zagnieżdżone. Powszechnie przyjmuje się, że modele różniące się o nie więcej niż 2 jednostki AIC są porównywalnie dobrymi modelami. W szczególności, modele gorsze od zidentyfikowanego modelu optymalnego (posiadającego minimalne AIC) o mniej niż 2 jednostki AIC są tradycyjnie uznawane za równie dobre, alternatywne modele objaśniające zmienną zależną.

 

W jednym z ostatnich J Wildl Management, Todd Arnold zwraca uwagę, że dodając do optymalnego modelu (minimalne AIC) kompletnie nonsensowny predyktor (np. losowa liczba z określonego przedziału) można uzyskać model różniący się od optymalnego o mniej niż 2 jednostki AIC. I odwrotnie, eliminując predyktory z przeparametryzowanego modelu, w poszukiwaniu minimalnego AIC, możemy uzyskać – obok optymalnego, porównywalnie dobry model (różnica AIC<2) zawierający totalnie nieinformatywną zmienną jako predyktor.  Przy powszechnie panującym podejściu, taki model bywa traktowany jako świadectwo, że ten dodatkowy predyktor jednak ma jakieś znaczenie dla objaśniania zmienności w naszej zmiennej zależnej. No i to jest błąd, bo z powodów opisanych w artykule – przy bezkrytycznym stosowaniu wyłącznie kryterium różnicy AIC – możemy poważnie traktować modele zawierające zmienne nie mające najmniejszej mocy predykcyjnej dla analizowanej zmiennej.

 

Podstawowym powodem takiej sytuacji jest sposób definiowania AIC, które w swoim wzorze zawiera składnik [2 * liczba predyktorów]. Sytuacja nie jest jednak beznadziejna (far from it…) – Arnold pokazuje, jak nie dać się wpuścić w ten kanał. Co śmieszniejsze, na problem ten zwracali uwagę również Ken Burnham i David Anderson - goście, którzy wypromowali AIC swoją książką o selekcji modeli, ale wszyscy olali ten fragment ich książeczki w drugim wydaniu… Teraz mają szansę naprawić swój błąd, czytając artykuł:  Arnold TW. 2010. Uninformative Parameters and Model Selection Using Akaike’s Information Criterion. Journal of Wildlife Management 74(6):1175–1178.

 

Przemek Ch.

Obywatel suseł...

Część osób już to widziała, ale może warto pokazać ten wynik w szerszym gronie z prośbą o pomysły na interpretacje. Jak dla mnie mocne:

rozmieszczenie susła moręgowanego w Polsce (Głowaciński 2001):

Rozmieszczenie susła perełkowanego w Polsce:
Rozmieszczenie miejsca zamieszkania obywateli polskich o nazwisku "Suseł" w oparciu o portal "Moi krewni":
Zbieg okoliczności? Jakieś inne pomysły?
pzdr
michał żmihorski

piątek, 10 września 2010

Koniec legendy o wilkach ratujących drzewa?

Polecam nowy artykuł z Ecology – Matthew Kauffman rozprawia się z legendarną historyjką o tym jak re-introdukowane w Yellowstone wilki uratowały lokalne zadrzewienia osikowe/topolowe (które tam są gatunkiem wartościowym). Story została rozpropagowana w kilku obszernych papierach przez dwóch autorów Ripple & Betschta, i jak dla mnie była klasykiem jeśli chodzi o „trophic cascades”. Ale jak to napisał Kauffman – historia okazała się bardziej skomplikowana niż niektórzy myśleli.

 

Tutaj namiary na oryginalne stories.

 

·          Ripple, W. J., and R. L. Beschta. 2003. Wolf reintroduction, predation risk, and cottonwood recovery in Yellowstone National Park. Forest Ecology and Management 184:299–

·          313.

·          Ripple, W. J., and R. L. Beschta. 2004. Wolves and the ecology of fear: can predation risk structure ecosystems? Bioscience 54:755–766.

·          Ripple, W. J., and R. L. Beschta. 2007. Restoring Yellowstone’s aspen with wolves. Biological Conservation 138:514–519.

·          Ripple, W. J., and E. J. Larsen. 2000. Historic aspen recruitment, elk, and wolves in northern Yellowstone National Park, USA. Biological Conservation 95:361–370.

·         Ripple, W. J., E. J. Larsen, R. A. Renkin, and D. W. Smith. 2001. Trophic cascades among wolves, elk and aspen on Yellowstone National Park’s northern range. Biological Conservation 102:227–234.

 

A tu link do artykułu Kauffmana:

http://www.esajournals.org/doi/abs/10.1890/09-1949.1

(gdybym wiedział jak, to bym wrzucił pdfaJ)

 

Przemek Ch.

 

 

Road Ecology w polskiej wersji

Ukazała się polskie tłumaczenie klasycznej książki dotyczącej szeroko rozumianych relacji wildlife-drogi: "Road Ecology: Science and Solutions" by Forman et al. Oryginał wydany w 2003 przez Island Press. Sprawdzałem, i na ISI książka ma ponad 200 cytowań.

Na razie znalazłem książkę w formacie pdf do ściągnięcia w całości tu:
http://zielonasiec.pl/wp-content/uploads/ekologia_drog.pdf

Redakcja naukowa tłumaczenia Chylarecki i Wiśniewska. Niestety nie wiem czy jest do kupienia w wersji papierowej...

pzdr
michał żmihorski

poniedziałek, 6 września 2010

książki o R

Książek o R jest sporo ale tych po Polsku raczej niewiele i nie wszystkie przyjazne czytelnikowi. Ukazały się natomiast dwie książki, które są warte polecenia. Mam je od niedawna ale naprawdę mi się przydają jako przewodnik i baza skryptów Ra. 
Pierwsza (większa) to metody ilościowe w R - sporo przydatnych dla ekologów technik (m.in. różne generalized linear models, np. dość rzadko opisywane Zero-Inflated Poisson i Zero-Inflated Negative Binomial). Druga to statystyka przestrzenna. Przyznam, że dla mnie miejscami trudna i jeszcze nie zrozumiałem wielu poruszanych tam problemów, ale na pewno warto przeczytać. W tej książce znajdziecie m.in. techniki szacowania przestrzennej autokorelacji (podstawa modelowania i często duży problem analityczny w ekologii - wystarczy spojrzeć na cytowania pracy Dorman et al. z Ecography w lewym dolnym rogu bloga) i opis rysowania map.
 
jakby ktoś nie widział to autorką jest Katarzyna Kopczewska (w pierwszym przypadku et al.), wydawnictwo CeDeWu

pzdr
michał żmihorski

czwartek, 2 września 2010

Never ending story, czyli do ilu razy sztuka?

Wiadomo, ze planowanie badan, zbieranie prob to jedna z najprzyjemniejszych czesci pracy badawczej. Niemniej nadchodzi moment, kiedy chcemy pokazac swiatu co nam wyszlo (badz nie wyszlo) no i wysylamy nasze maszynopisy do journali na pozarcie znudzonym zyciem, sfrustrowanym badz niezbyt trzezwo myslacym recenzentom ;) Ile Waszym zdaniem warto probowac wysylac maszynopisy, ktore sa odrzucane przez kolejne czasopisma, a kiedy warto dac sobie spokoj? Takie dylematy decyzyjne nadchodza mnie przy kawie i maszynopisie, ktory wlasnie probuje poprawic i przygotowac do wyslki po raz piąty...

pozdro

skorka